En 1999 le fue diagnosticado un cáncer linfático. Al respecto el escritor declaró en el 2000 en una entrevista al diario El Tiempo de Bogotá:
Hace más de un año fui sometido a un tratamiento de tres meses contra un linfoma, y hoy me sorprendo yo mismo de la enorme lotería que ha sido ese tropiezo en mi vida. Por el temor de no tener tiempo para terminar los tres tomos de mis memorias y dos libros de cuentos que tenía a medias, reduje al mínimo las relaciones con mis amigos, desconecté el teléfono, cancelé los viajes y toda clase de compromisos pendientes y futuros, y me encerré a escribir todos los días sin interrupción desde las ocho de la mañana hasta las dos de la tarde. Durante ese tiempo, ya sin medicinas de ninguna clase, mis relaciones con los médicos se redujeron a controles anuales y a una dieta sencilla para no pasarme de peso. Mientras tanto, regresé al periodismo, volví a mi vicio favorito de la música y me puse al día en mis lecturas atrasadas.
En la misma entrevista, García Márquez se refiere al poema titulado La marioneta, que le fue atribuido por el diario peruano La República a modo de despedida por su inminente muerte, desmintiendo tal información. Negó ser el autor del poema y aclaró que «el verdadero autor es un joven ventrílocuo mexicano que lo escribió para su muñeco», refiriéndose al ventrílocuo mexicano Johnny Welch.
En 2002, su biógrafo Gerald Martin voló a Ciudad de México para hablar con García Márquez. Su mujer, Mercedes, tenía gripe y el escritor tuvo que visitar a Martin en su hotel. Según dijo, Gabriel García Márquez ya no tenía la apariencia del típico sobreviviente de cáncer. Todavía delgado y con el pelo corto, completó Vivir para contarla ese año
